Presidente del club tra il 1992 e il 2003, anche se nel periodo tra il 1994 e il 1998 la carica presidenziale fu affidata a Dino Zoff; sotto la sua gestione, la squadra capitolina ottiene importanti successi a livello nazionale e continentale, vincendo 1 Scudetto, 2 Coppe Italia, 2 Supercoppe Italiane, 1 Coppa delle Coppe, 1 Supercoppa UEFA a cui si aggiungono una finale di Coppa UEFA (persa contro l'Inter) e due secondi posti in campionato.
Poi una crisi finanziaria che culminerà nel 2002 con il default dei bond Cirio. Cragnotti è invitato a mettersi da parte e a lasciare le sue imprese, compresa la Lazio, nelle mani delle banche. Nel 2003 viene inserito nel registro degli indagati dalla Procura di Roma, con l'accusa di bancarotta fraudolenta.
L'11 febbraio del 2004 viene rinchiuso nel carcere di Regina Coeli con ordinanza di custodia cautelare; esce ad agosto dello stesso anno. Il processo relativo al crac Cirio è tuttora in corso.
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