Dopo aver studiato al seminario di Fermo ed all'Almo collegio Capranica di Roma, si laureò in teologia alla Pontificia Università Gregoriana di Roma, fu ordinato sacerdote nel 1893. Fu tra gli esponenti italiani del modernismo cattolico e seguì le lezioni di Antonio Labriola sulla interpretazione del materialismo storico.
Nel 1894 fu tra i promotori della fondazione della FUCI, nel 1901 della Democrazia cristiana italiana, nel 1905 della Lega Democratica Nazionale. Fondò, o partecipò a fondare, anche le riviste "Vita nova" (1895), "Cultura sociale" (1898)[2], "Il domani d'Italia" (1901), "Rivista di cultura" (1906), "Il commento" (1910).
Murri strinse amicizia con Don Sturzo, quasi coetaneo, che ospitò per tre mesi nella sua casa romana di piazza della Torretta Borghese, nella quale si erano tenute le riunioni per la costituzione della FUCI.
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