Dopo l'8 settembre entrò nella resistenza romana principalmente come assistente spirituale, ma riuscì anche ad aiutare procurando armi e vettovagliamenti. Era in contatto con la "banda Fulvi", comandata da un ufficiale dell'esercito italiano, il tenente Fulvio Mosconi, gruppo che era attivo a Monte Mario, e dipendeva da Giuseppe Cordero Lanza di Montezemolo.
Nonostante le pressioni esercitate dal Vaticano, fu fucilato il 3 aprile 1944 a Forte Bravetta. Nel plotone di esecuzione composto da 12 militari della PAI (Polizia Africa Italiana), all'ordine di "fuoco!", 10 componenti spararono in aria. Rimasto ferito dai colpi degli altri 2, don Morosini fu ucciso dall'ufficiale fascista che comandava l'esecuzione con due colpi di pistola alla nuca.
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